Collocate presso la sezione dei Fondi Speciali, le Biblioteche private di uomini illustri della Capitanata e del Mezzogiorno, donate o acquistate dalla Biblioteca nel corso della sua lunga esistenza, danno un ampio ventaglio di informazioni, studi e notizie di storia, economia politica, letteratura, diritto, scienza delle finanze, medicina, musica, archeologia, arte, politica, filosofia, utili per ricerche comparate tra passato e presente, ma anche per ricostruire le personalità dei proprietari e i contesti culturali in cui vissero.
Ogni fondo, consistente in migliaia di testi, ha una propria caratteristica rapportata alla personalità dei donatori e alle varie discipline in cui hanno operato.
Il fondo più prestigioso è senza dubbio la pregevole biblioteca di Nicola Zingarelli, padre del noto vocabolario italiano, composta da oltre 8000 opere fra volumi ed opuscoli di natura filologica-letteraria. Di grande interesse è la raccolta dantesco-petrarchesca, dove si contano 1272 voci distinti in gruppi e sottogruppi, quali per esempio le opere originali, codici riprodotti, opere complete, opere complessive ed antologie.
Tra le altre biblioteche, tanto per citarne alcune, annoveriamo i volumi di economia politica e scienze delle finanze di Angelo Fraccacreta, quelli di Michele Vocino, riferiti alla storia, geografia e folclore, di Domenico Fajella con le opere di filosofia, storia, arte e classici, di Luigi Tamburrano con opere storiche, filosofiche, politiche e diritto, di Luigi Saponaro con una consistente documentazione di interesse locale e meridionalistica, di Antonio Nardini e la sua libreria di musica, nonché raccolte particolari quali l'iconografia musicale di Michele Bellucci, le incisioni ed il carteggio di Armando Petrucci, di Carlo Gentile con rari testi sulla massoneria.
Tra gli ultimi fondi istituiti ricordiamo quelli di Antonio Pellegrino, urologo di fama nazionale e lungimirante Presidente della Provincia di Foggia, con i suoi preziosi volumi di medicina in lingua inglese, francese e tedesca, di Ugo Jarussi, dirigente dell’ufficio tecnico della Provincia di Foggia, con volumi di urbanistica e storia locale e della Famiglia Ricca, notai ed avvocati di origine campana ma trasferiti in Capitanata su ordine dell’amministrazione reale del Regno delle Due Sicilie nel secolo XVI, in relazione alla costituzione delle Dogane, con documenti aventi carattere esclusivamente giuridico, i cui lavori di catalogazione non sono stati ancora ultimati.
Questi fondi ovviamente sono considerati "chiusi" perché non suscettibili di incremento, ma la carta delle collezioni delle Biblioteca la Magna Capitana mira a consolidare sempre più il proprio patrimonio librario con l'acquisizione di nuove biblioteche private che abbiano particolari caratteristiche di rappresentatività e di uniformità.
Tutti i documenti delle Biblioteche private sono collocati a scaffale chiuso e non sono ammessi al prestito, pertanto, per la relativa consultazione è necessario rivolgersi al personale che opera nei Fondi speciali.